Este foi o primeiro Programa Permanente da RBMA e é centrado na atuação técnica e política visando a conservação da biodiversidade, da água e dos demais recursos da Mata Atlântica por meio da criação, implantação e gestão integrada e participativa de áreas protegidas públicas e privadas, terrestres e marinhas. Ao longo de mais de 25 anos a RBMA contribuiu diretamente na proposição e criação de dezenas de novas Unidades de Conservação, cuja área somada é de cerca de 1milhão de ha.

Também teve ação central na criação de todos os 13 Mosaicos de Áreas Protegidas existentes no Bioma e na criação e gestão do Corredor Central da Mata Atlântica. Da mesma forma a RBMA foi protagonista central na criação do Pacto pela Restauração da Mata Atlântica (visando restaurar 15 milhões de hectares até 2050),respondendo por sua Secretaria Executiva por três anos. Também atua no fortalecimento das RPPNs  e no desenvolvimento de ações de capacitação de gestores, projetos de ecoturismo e desenvolvimento socioambiental nas UCs de uso sustentável.